Департамент бюджетной политики и государственных закупок
Департамент ветеринарии
Департамент животноводства и племенного дела
Департамент земельной политики, имущественных отношений и госсобственности
Департамент информационной политики и специальных проектов
Департамент международного сотрудничества
Департамент мелиорации
Департамент научно-технологической политики и образования
Департамент правового обеспечения
Департамент развития и управления государственными информационными ресурсами АПК
Департамент развития сельских территорий
Департамент растениеводства, механизации, химизации и защиты растений
Департамент регулирования рынков АПК
Департамент регулирования в сфере рыбного хозяйства и аквакультуры (рыбоводства)
Департамент экономики и государственной поддержки АПК